Creo que en cierto modo tú mismo has respondido a tu pregunta: vemos que para demostrar propiedades sobre conjuntos, digamos dentro de la jerarquía proyectiva, necesitamos representaciones de esos conjuntos de reales como árboles pero, además, árboles bonitos con ciertas propiedades (y los árboles homogéneos que mencionas, en particular, con medidas adjuntas). Conseguir esto último implica cardinales medibles, como mínimo; y para conseguir la determinabilidad de PD o AD tenemos que ser capaces de desplazar esos árboles de formas más sutiles para demostrar que los complementos de los árboles agradables, y las proyecciones de esos complementos, etc., también tienen propiedades agradables, y esto requiere cardinales de Woodin, etc...
A la inversa, encontramos argumentos descriptivos de la teoría de conjuntos involucrados en el análisis de la ratón componentes que entran en la elaboración de los modelos internos superiores, en particular esto es necesario para la llamada inducción del modelo central. Para construir tales modelos hay que tener algo de proceso inductivo para hacerlo, y para empezar, esto implica un análisis de los niveles inferiores de un modelo putativo, y la descripción de esos niveles es, o puede verse como, descriptiva de la teoría de conjuntos sobre los conjuntos de reales del modelo. Empieza a parecer inevitable que la DST y la teoría del modelo interno estén así inextricablemente unidas. Así, el hecho de que el teorema de Kechris-Martin tenga dos estilos de demostración empieza a parecer las dos caras de una misma moneda.
Aunque no pretendo que esta sea una respuesta exhaustiva o completa a su pregunta, (¡dudé en responder a esto ya que no me estoy erigiendo como "un experto" a quien usted pregunta!) se podría añadir que un aspecto al menos, es la siguiente respuesta a la pregunta (más simple, lateral) que a menudo se hace "¿Por qué grandes cardinales?" o "¿Por qué se necesitan árboles tan grandes, y concomitantemente, grandes conjuntos, medidas, etc. para estos análisis?" Es posible ver esto, al menos en el ámbito de la determinación, como una simple extensión de lo que se necesita para analizar Borel: Friedman demostró que necesitaríamos iteraciones de la operación de conjuntos de potencia (y Colección para reunir los conjuntos resultantes) con un número aproximado de iteraciones que proceden de forma escalonada a través de la complejidad de los conjuntos de Borel para mostrar su determinación (por lo tanto, para $\alpha \geq \omega$ se necesitaría $\alpha$ muchos iterados del conjunto de energía, etc. para obtener $Det(\Sigma^0_\alpha)$ ). La prueba de Martin de la determinación de Borel mostró que Friedman tenía toda la razón: ya necesitamos árboles cada vez más grandes, o espacios si se quiere, en los que desentrañar los conjuntos de Borel a un cierto nivel y mostrar su representación clopada (y por tanto su condición de determinados) en un espacio correspondiente más grande. Así que: agotamos el poder de ZF para mostrar que hay suficientes árboles buenos para establecer la determinación de Borel. Para obtener niveles más altos de determinación vamos a necesitar ir más allá de ZF y utilizar axiomas fuertes de infinito, es decir, cardinales grandes.
Así, toda la empresa abarca un espectro a través de la construcción de modelos de fragmentos de la teoría de números de segundo orden número de segundo orden (hasta $Det(\Sigma^0_3$ ) digamos, a través de modelos de fragmentos de ZF de cierta altura ordinal incontable (Determinación de Borel, por lo que aquí usamos modelos internos "débiles" de fragmentos de ZF de altura de conjunto), y luego altura completa de los modelos ordinales de ZF, (para $Det(\Pi^1_1)$ ) y ahora viene lo mismo con los modelos internos para los cardenales más grandes, aunque con argumentos más sofisticados.