La respuesta corta es que sí, pero la forma de hacerlo varía según el software que utilices (QGIS, GDAL & OGR, SAGA, etc). Voy a suponer que está utilizando ArcGIS 10.x:
Si se carga el shapefile dos veces en la misma sesión (es decir, dos capas, ambas leyendo de la misma fuente de datos shapefile), y se establecen diferentes Consultas de Definición en ellas para diferentes años de incendio, se puede entonces realizar la Intersección en estas dos capas. Se puede hacer todo esto a través de la interfaz gráfica de usuario, por supuesto, o en Python podría ser algo como lo siguiente:
import arcpy
# Two layers from the same shapefile
arcpy.MakeFeatureLayer_management(r"C:\aDir\myshapefile.shp","test_lyr1")
arcpy.MakeFeatureLayer_management(r"C:\aDir\myshapefile.shp","test_lyr2")
lyr1 = arcpy.mapping.Layer("test_lyr1")
lyr2 = arcpy.mapping.Layer("test_lyr2")
# Name the layers
lyr1.name = "lyr1"
lyr2.name = "lyr2"
# Set definition queries for each layer
lyr1.definitionQuery = '"FIREYEAR" = ' + "'2010'"
lyr2.definitionQuery = '"FIREYEAR" = ' + "'2011'"
# Perform the intersection on the named layers
# You can intersect among more than two layers at a time if
# you've got the full ArcGIS license.
arcpy.Intersect_analysis(["lyr1", "lyr2"], r"c:\aDir\Intersection.shp")