Creo que puede haber muchas razones. Los agujeros negros de tamaño estelar son común . Es probable que sean los extremos de estrellas muy masivas ( $>25 M_{\odot}$ ) y parecen estar agrupados en masas de $5-15M_{\odot}$ . Algunos ejemplos más grandes pueden formarse mediante fusiones. Suelen ser fáciles de detectar porque existen en sistemas binarios; acumulan masa y emiten rayos X, y se puede observar su influencia en la compañera binaria e inferir la masa del agujero negro. Un dato interesante es que no sabíamos nada de la posibilidad de $30-60M_{\odot}$ agujeros negros hasta que fueron detectados a través de las ondas gravitacionales, y que de otro modo habrían pasado desapercibidos.
Agujeros negros supermasivos $(>10^6M_{\odot})$ se encuentran en los centros de las galaxias. Se detectan a través de la acreción de gas, que provoca el fenómeno del "núcleo galáctico activo"/cuásar, y la dinámica del gas puede utilizarse para estimar la masa del agujero negro. Los agujeros negros más masivos dan lugar a objetos más extremos con mayor luminosidad de AGN/cuásar y movimientos de gas más rápidos que son más fáciles de detectar.
Por tanto, existen dos claros sesgos de selección: los agujeros negros cercanos, de tamaño estelar, son fácilmente detectables porque son comunes y su presencia puede determinarse cuando están en sistemas binarios (que también son comunes). Los agujeros negros lejanos, situados en el centro de las galaxias, son más fáciles de detectar si son masivos.
Los agujeros negros de masa intermedia caen en la brecha. Es posible que se hayan formado en los primeros tiempos del universo (los mecanismos aún no están claros) y probablemente existan en los centros de galaxias relativamente pequeñas y poco visibles. Es posible que la mayoría haya crecido o se haya fusionado con los agujeros negros más supermasivos, por lo que es posible que no sean comunes en las galaxias cercanas en la época actual del universo. En segundo lugar, como no son muy masivos, su presencia no suele dar lugar a fenómenos muy energéticos. La luminosidad de cualquier actividad de tipo AGN podría ser muy pequeña (como lo es en nuestra propia galaxia, a pesar de que alberga un agujero negro de 4 millones de masas solares), por lo que es posible que no se identifiquen fácilmente. Incluso si se identifican candidatos, es difícil inferir las masas porque cualquier radiación debida a los movimientos del gas será correspondientemente más débil.