Me gustaría poder encontrar las estructuras cristalinas de los fármacos, por ejemplo en este momento quiero encontrar la estructura cristalina de ( R )-fluoxetina para poder utilizar Jmol para crear un modelo 3D preciso de la misma. Así podré subirlo a Wikimedia Commons para que pueda ser utilizado junto a la estructura de Benjah-bmm27 de ( S )-fluoxetina en la página de Wikipedia sobre la fluoxetina. He probado esta base de datos [ 1 ] pero cuando busqué los SMILES de ( R )-fluoxetina, CNCCC@HOC2=CC=C(C=C2)C(F)(F)F (de ChemSpider [ 2 ]), no obtuve ningún resultado de la búsqueda.
Respuestas
¿Demasiados anuncios?
Creo que mi primera pregunta es ¿por qué necesita la estructura cristalina?
Para las moléculas orgánicas, el recurso definitivo es el patentado (y bastante caro) Base de datos de estructuras de Cambridge .
El Base de datos cristalográfica abierta que enlazaste es bastante nuevo y está en expansión, pero no tiene los muchísimos cristales moleculares del CSD. Por ejemplo, las revistas de la American Chemical Society exigían el envío al CSD para su publicación.
Mi sugerencia sería empezar con el Resolvedor químico de los NIH o PubChem . Este último tiene una estructura calculada en 3D de ( R )-fluoxetina que estoy seguro de que es bastante decente. Jmol debería ser capaz de cargarlos directamente, o podrías guardar archivos SDF y abrirlos en Jmol.
Señalaré que Avogadro también puede hacer estas tareas, pero como soy el creador, soy parcial.
Rob Wells
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361
Considere http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do que contiene las estructuras de los complejos proteína-fármaco y http://www.drugbank.ca/ . Además, no dejes de hacer búsquedas en Google
dsteinweg
Puntos
768
¿Existen estructuras cristalinas de la base libre?
La estructura del clorhidrato fue publicada por D. W. Robertson y colaboradores en J. Med. Chem. , 1988 , 31 , 185-189 ( DOI ).
La estructura de los co-cristales 1:1 del hidrocloruro con diferentes ácidos fue publicada por S. L. Childs y colaboradores en J. Am. Chem. Soc. , 2004 , 126 , 13335-13342 ( DOI ).
El CIF del co-cristal 1:1 del hidrocloruro con el ácido benzoico está disponible libremente.
