El zener 1N5223 es nominalmente 2.7 voltios y puede ser tan bajo como 2.565 voltios o tan alto como 2.835 voltios así que si puedes vivir con esta variación entonces está bien.
El BAT54 siendo schottky parecerá una pequeña caída de voltios cuando el condensador alcanza la carga completa, así que el único problema aquí es cuál es la corriente residual tomada por el condensador - cuanto más alta es la residual, más cae el BAT54 de voltaje. Podría ser alrededor de 0,1 a 0,2 voltios a 100 uA.
¿Esto es suficiente? Sólo el OP puede decidirlo.
Si quieres algo más preciso, yo usaría un regulador de voltaje lineal para producir 2,7 voltios y alimentar eso al supercap. Si tuvieras un par de voltios más disponibles en la entrada existe esta solución de tecnología lineal
LT lo describen como: -
El LT3663 es un regulador de conmutación reductor de 1,2 A con límite de corriente de salida de salida que es ideal para su uso como cargador de supercondensadores, ya que ya que proporciona un voltaje de salida y un límite de corriente de carga límite.
Estoy seguro de que habrá soluciones de conmutación o lineales que harán el trabajo en lugar de depender de la tolerancia de un diodo zener (+/- 5%) y la corriente de fuga desconocida del supercap.