La información del patio y las cruces no deberían incluirse en sus gerbers, al menos para la fabricación de la PCB. Cada gerber representa alguna característica física de la PCB: cobre, serigrafía, bordes de la placa, etc.
Cuando enviaste estos archivos a Advanced Circuits (4pcb.com), probablemente te pidió que trazaras (o al menos verificaras) qué archivos representaban qué capas. Puedes marcar estas capas de información de fabricación como "Documentación/otro", si no recuerdo mal.
La empresa de fabricación de Advanced Circuits no está interesada en ensamblar las placas (aunque recientemente han desarrollado una empresa hermana que se dedica a ello), por lo que no es necesario enviarles cruces, archivos de selección y colocación, ni nada por el estilo.
Sin embargo, cuando tengas las placas montadas (componentes colocados y soldados), deberás averiguar qué quiere el montador. Como mínimo, necesitarán una lista de materiales y un archivo de recogida y colocación (con información sobre x/y/rotación). Nunca he presentado esto en forma de Gerbers, pero podría imaginar que algunos ensambladores podrían quererlo así...
En tu caso concreto, parece que Advanced Circuits piensa que quieres las cruces y los contornos del patio impresos en cobre o serigrafía. Desde luego, usted no quiere eso.