Observa primero que mediante el uso del Teorema de Gauss en realidad calculaste el flujo hacia afuera de la superficie
$$\left\{\left(x,y,\sqrt{x^2+y^2}\right)\right\}\cap\{\left(x,y,1\right)\}\subset\Bbb R^3$$
Sin la "tapadera" superior, solo tenemos el cono (abierto), y "hacia afuera" claramente significa hacia abajo.
La intersección del plano $\;z=1\;$ con el cono $\;z=\sqrt{x^2+y^2}\;$ es simplemente la superficie (de hecho, el círculo unitario "canónico" a la altura uno) $\;S:\;r(t)=(\cos t, \sin t, 1)\;,\;\;0\le t\le 2\pi\;$ , y como queríamos el flujo abajo del cono desde el principio, ahora debemos restar el flujo hacia arriba a través de la superficie mencionada anteriormente, por lo que obtenemos que el vector normal a ese círculo es claramente $\;\vec n=(0,0,1)\;$ , y así (usando coordenadas cilíndricas):
$$\vec F\cdot\vec n=z^4\implies \iint_S\vec F\cdot\vec n\;dS=\int_0^1\int_0^{2\pi} z^4\,r\,d\theta\,dr\stackrel{z=1\;\text{here}}=\int_0^1\int_0^{2\pi} r\,d\theta\,dr=\pi$$
y por lo tanto el flujo final es (de acuerdo a lo que ya obtuviste usando el Teorema de Gauss)
$$\frac{4\pi}3-\pi=\frac\pi3$$
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Para usar el teorema de Gauss, debes tener una superficie cerrada y acotada. Parece que has acotado tu cono desde arriba en el plano $\;z=1\;$...pero ahora debes restar el flujo a través de ese plano...
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¿No estoy seguro de cómo hacerlo, puedes mostrarme?