En el editor de CartoDB, puede separar fácilmente sus líneas en diferentes capas y luego activar o desactivar las infowindows en consecuencia.
Mientras está en la "vista de mapa" de sus datos, hará clic en el asistente de SQL y escribirá un declaración que selecciona la línea 1.
No estoy seguro de cómo están organizados tus datos, pero por ejemplo, si has asignado a cada línea una categoría numérica podrías escribir una declaración como
SELECT from #yourtablename WHERE category = 1
que devolverá sólo las filas cuya categoría sea 1.
A continuación, haga clic en el asistente de infowindow y "enciéndalo" añadiendo los elementos que desea mostrar.
A continuación, haga clic en el botón "añadir capa" y añada su capa original de nuevo, y haga otra consulta SQL en el asistente que seleccione la línea 2.
SELECT from #yourtablename WHERE category = 2
A continuación, puede desactivar la infowindow haciendo clic en su asistente y asegurándose de que ninguno de los elementos esté seleccionado.
Repita este proceso hasta que a todas sus líneas se les haya asignado una capa separada con la configuración de infoventana adecuada. Puede hacer lo mismo con sus etiquetas.
Espero que te haya servido de ayuda.