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ilustrar la interacción sin ANOVA, ¿otros métodos?

Me pregunto si hay formas aceptables de ilustrar la presencia de una interacción además de utilizar un ANOVA. No puedo utilizar un ANOVA porque tengo tamaños de muestra desiguales, y debido a la naturaleza del tema investigado, no había ningún diseño experimental que pudiéramos haber utilizado para evitarlo.
¿Utilizar un gráfico de dispersión y añadir líneas R2 para ambos subgrupos es un método aceptable para demostrar una interacción? Si no es así, ¿cuáles son otros métodos? Hemos replicado el efecto dos veces (con tamaños de muestra desiguales en ambos experimentos), por lo que estamos seguros de que la interacción existe. El único problema es demostrarlo de una manera aceptable para la publicación.

Gracias de antemano, toda ayuda es tremendamente apreciada.

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¿Tal vez una prueba de permutación no paramétrica para la interacción? Véase

Anderson, Marti, y Cajo Ter Braak. "Pruebas de permutación para análisis multifactorial de la varianza". Journal of statistical computation and simulation 73.2 (2003): 85-113.

Hay un PDF disponible en http://avesbiodiv.mncn.csic.es/estadistica/permut1.pdf . La sección 5.1 recomienda permutar los residuos para probar la hipótesis de interacción.

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