Puede utilizar un simple bloque de código directamente desde la ventana de Python en ArcGIS o como una herramienta Python script o como una herramienta personalizada script.
A continuación se muestra un código de ejemplo para un Herramienta script. Sólo tiene que añadir sus capas vectoriales en un documento de mapa (.mxd) y especificar la capa de recorte y la geodatabase de salida.
import os, arcpy
arcpy.env.overwriteOutput = True
clip_layer = arcpy.GetParameterAsText(0)
out_gdb = arcpy.GetParameterAsText(1)
mxd_obj = arcpy.mapping.MapDocument("CURRENT")
for lyr in arcpy.mapping.ListLayers(mxd_obj):
arcpy.AddMessage(lyr)
out_layer = os.path.join(out_gdb,lyr.name)
arcpy.Clip_analysis(lyr,clip_layer,out_layer)