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Optimización de modelos (RNA, base radial, etc.) en R para orientar los niveles de predicción para producir una respuesta deseada

He aprendido a utilizar algunos paquetes como neuralnet y caret para crear modelos basados en experimentos diseñados y estoy llegando al punto en que creo que mis modelos son relativamente decentes.

Hay un programa llamado ISight que otros en mi empresa utilizan para el análisis de funciones de base radial. Prefiero R por un montón de razones, pero una de las características que tiene es un "optimizador".

Esto le permite introducir un valor deseado para su(s) respuesta(s) y el programa se encarga de producir la mejor sugerencia de los valores de las variables de entrada para lograr este resultado. También le permite ponderar la importancia de cada respuesta de salida (si tiene múltiples respuestas) y conducirá hacia un conjunto de respuestas ponderadas/equilibradas basado en su clasificación.

Me pregunto si hay algo así para R.

Podría simplemente generar un enorme marco de datos de varias combinaciones, pasarlo por el predict de mis modelos y luego buscar las respuestas en torno a mi valor objetivo, lo que me dirá a qué valores de entrada aproximados puedo alcanzar ese valor?

Eso probablemente estará bien para una respuesta, pero cuando empiece a intentar modelar múltiples respuestas será mucho más difícil averiguar qué niveles de entrada optimizan toda la gama de valores de salida deseados.

Siéntase libre de proporcionar cualquier terminología utilizada para describir esto. Soy nuevo en el área y sólo sé que ISight lo llama "optimizador". Mis búsquedas en google pueden haber sido pobres debido a no saber cómo llamar a lo que estoy buscando.

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Rawpal Puntos 11

Envié un correo electrónico a Max Kuhn, el creador del programa R caret paquete sobre esto y me contestó con la siguiente bibliografía y un par de sugerencias de paquetes, ya que estaban a mano debido a la publicación pendiente de su nuevo libro (ya publicado):

Pensé en compartirlas ya que la pregunta seguía sin respuesta. Creo que el problema estaba en la forma en que expresé lo que estaba tratando de hacer, es decir, "optimización" frente a "deseabilidad", aunque creo que también he escuchado que esto se llama "búsqueda de diseño" y realmente no recibo respuestas para eso tampoco. En cualquier caso, esta fue su respuesta:


John,

Hay algunas herramientas de "optimización multiparamétrica". La que yo utilizo es la más utiliza se basa en funciones de deseabilidad:

Derringer, G., y Suich, R. (1980). Optimización simultánea de varias variables de respuesta. Journal of Quality Technology, 12(4), 214219.

Raymond H. Myers, Douglas C. Montgomery, Christine M. Anderson-Cook (2009) Metodología de superficie de respuesta: Process and Product Optimization Using Experimentos diseñados (sección 6.6)

Costa, N. R., Lourenço, J., & Pereira, Z. L. (2011). Enfoque de la función de deseabilidad de deseabilidad: Una revisión y evaluación del desempeño en condiciones adversas. Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems, 107(2), 234244.

Mostaghim, S., Trautmann, H., & Mersmann, O. (2011). Preference-based optimización de enjambre de partículas multiobjetivo usando desirabilidades. Parallel Problem Solving From NaturePPSN XI, 101110.

Cruz-Monteagudo, M., Borges, F., & Cordeiro, M. N. D. S. (2011). Conjuntamente de la potencia y la toxicidad de los peptidomiméticos antimicrobianos mediante reglas de la teoría de la deseabilidad y la quimioinformática. Journal of Chemical Information and Modeling, 111209133000007. doi:10.1021/ci2002186

Segall, M., Champness, E., Leeding, C., Lilien, R., Mettu, R., & Stevens, B. (2011). Aplicación de las transformaciones de la química medicinal y la optimización Optimización para guiar la búsqueda de pistas y candidatos de alta calidad. Journal of Chemical Information and Modeling, 51(11), 29672976. doi:10.1021/ci2003208

Wager, T. T., Hou, X., Verhoest, P. R., & Villalobos, A. (2010). Mover más allá de las reglas: El desarrollo de un enfoque de optimización multiparamétrica del sistema nervioso central Sistema Nervioso Central (CNS MPO) para permitir la alineación de las de las propiedades de los fármacos. ACS Chemical Neuroscience, 1(6), 435449. doi:10.1021/cn100008c

Hay algunos paquetes de R para hacer esto:

El paquete de deseabilidad tiene un ejemplo en la viñeta que puede ser similar a lo que usted quiere hacer.

Max


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