Parece que hay alguna incoherencia en los parámetros de desplazamiento de datos para EPSG:5221.
Utilizando gdalsrsinfo epsg:5221, GDAL 1.11.2 informa:
+proj=krovak +lat_0=49.5 +lon_0=42.5 +alpha=30.28813972222222 +k=0.9999 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=bessel +towgs84=589,76,480,0,0,0,0 +pm=ferro +units=m +no_defs
Mientras que el actual QGIS 2.8.2 tiene esta definición:
+proj=krovak +lat_0=49.5 +lon_0=42.5 +alpha=30.28813972222222 +k=0.9999 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=bessel +towgs84=542.5,89.2,456.9,5.517,2.275,5.516,6.96 +pm=ferro +units=m +no_defs
El towgs84
los parámetros son diferentes (3 parámetros frente a 7 parámetros). No estoy seguro de cuál es más preciso, y si los parámetros cambiaron en QGIS y cuándo.
Si todavía tiene acceso a QGIS 2.0, busque los parámetros allí. Puede configurar un CRS personalizado en su QGIS en funcionamiento y asignarlo a los archivos proyectados de Krovak.
Alternativamente, puede guardar la capa WGS84 en QGIS 2.0 en proyección Krovak, llevarla a QGIS 2.2, y guardarla de nuevo a WGS84 allí. Por cierto, le sugiero que actualice a QGIS 2.8.3. Hay muchos errores corregidos desde QGIS 2.2.
Este informe de error podría estar relacionado: https://hub.qgis.org/issues/9760 y había un parche en http://lists.osgeo.org/pipermail/qgis-commit/2013-June/010976.html . La fuente citada para los parámetros se ha trasladado a http://freegis.fsv.cvut.cz/gwiki/S-JTSK_/_%C4%8Ceskoslovensk%C3%BD_transforma%C4%8Dn%C3%AD_kl%C3%AD%C4%8D .
El sitio ofrece diferentes parámetros de desplazamiento para la República Checa, Eslovaquia y toda la antigua Checoslovaquia. Los valores que ahora utiliza QGIS son para esta última, mientras que GDAL sigue utilizando los 3 parámetros establecidos por NIMA cuando se estableció el WGS84.