Hay un comando no bien documentado en OSGeo4W Shell que configura el shell para python3 como Luke menciona
py3_env
Básicamente establece tu PYTHONHOME y el PATH correcto. Entonces puedes llamar a Python3 con python3
.
C:\>py3_env
C:\>SET PYTHONPATH=
C:\>SET PYTHONHOME=C:\OSGEO4~1\apps\Python36
C:\>PATH C:\OSGEO4~1\apps\Python36;C:\OSGEO4~1\apps\Python36\Scripts;C:\OSGEO4~1\apps\Python27\Scripts;C:\OSGEO4~1\bin;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\WBem
C:\>python3
Python 3.6.0 (v3.6.0:41df79263a11, Dec 23 2016, 08:06:12) [MSC v.1900 64 bit (AMD64)] on win32
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
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Actualización con el comentario de auslander:
Para utilizar Python3 con el shell OSGeo4W que viene con QGIS 2 hay que cambiar el archivo {path you installed qgis}\etc\ini\python-core.bat
:
SET PYTHONHOME=%OSGEO4W_ROOT%\apps\Python36
PATH %OSGEO4W_ROOT%\apps\Python36\Scripts;%PATH%