Betadisper y adonis en R: ¿Estoy interpretando mi salida correctamente?

Question

Actualmente estoy analizando los datos bacterianos de la secuenciación de próxima generación y tratando de averiguar si las comunidades bacterianas difieren entre las regiones (parece que lo muestran en nMDS).

Al ejecutar adonis (paquete vegano) obtuve un r2 = 0,45, y p = 0,001. Cuando ejecuté el betadisper y realicé una prueba de permutación posterior obtuve una F = 1 y p = 0,3.

A mi entender, mis resultados dicen que hay un efecto de la región en las comunidades bacterianas y que las comunidades de cada región muestran una homogeneidad similar. No estoy seguro de si eso es correcto o incluso si sería "esperado" o apropiado tener un adonis significativo pero un betadisper insignificante. Para ambas pruebas de permutación he utilizado las 999 permutaciones obligatorias. Hágame saber si necesita más información y gracias de antemano por su ayuda.

Answer 1

Esta pregunta fue respondida en otro foro por Jaime Pinzón, de la Universidad de Alberta. Aquí está la respuesta:

Un resultado no significativo en betadisper no está necesariamente relacionado con un resultado significativo/no significativo en adonis. Las dos pruebas ponen a prueba hipótesis diferentes. La primera prueba la homogeneidad de la dispersión entre grupos (regiones en su caso), que es una condición (suposición) para adonis. La segunda prueba la ausencia de diferencias en la "localización", es decir, prueba si la composición entre los grupos es similar o no. Usted puede tener los centroides de dos grupos en NMS en una posición muy similar en el espacio de ordenación, pero si sus dispersiones son muy diferentes, adonis le dará un valor p significativo, por lo tanto, el resultado está muy influenciado no por la diferencia en la composición entre los grupos, sino por las diferencias en la composición dentro de los grupos (dispersión heterogénea, y por lo tanto una medida de betadiversidad). En resumen, tus resultados están bien, estás cumpliendo el "supuesto único" de adonis (dispersión homogénea) y por lo tanto estás seguro de que los resultados de adonis son "reales" y no un artefacto de dispersiones heterogéneas. Para más información puedes leer Anderson (2006) Biometrics 62(1):245-253 y Anderson (2006) Ecology Letters 9(6):683-693. Espero que esto le sirva de ayuda.