Esto suena un poco como un Problema X-Y a mí.
Si sólo quieres producir un sonido cada vez que tu MCU detecte alguna condición, te sugiero encarecidamente algún tipo de zumbador (magnético o piezoeléctrico). Es simple, fiable, eficiente energéticamente y barato. Utilizar un ordenador sólo para esta tarea es una gran exageración.
Sin embargo, supongo que haces la pregunta de esta manera porque quieres más adelante desencadenar algo más complicado que necesite tu ordenador. La forma genérica de resolver este problema es escribir en el ordenador algún programa siempre activo (un "demonio" ) que habla con tu mcu a través del puerto serie (o USB o lo que sea) y hace lo que sea necesario, cuando sea necesario : (ejemplo de python)
import serial
ser = serial.Serial()
while (True) :
if Serial.read()=='a' :
# do something
También podrías iniciar un shell estándar (bash, zsh o lo que esté disponible para tu sistema operativo) hablando a través del puerto serie. Necesitas configurar el puerto serie antes de eso (me viene a la mente stty) ; pero entonces no necesitas escribir / mantener nada en el PC por ti mismo y solo escribes comandos desde tu mcu en el TX serial.