Espero haber entendido bien la pregunta. Creo que el superíndice $2$ se supone que sólo significa "al cuadrado", no tiene nada que ver con el $2$ -norma, y no es más que la forma que tiene el autor de expresar el lado derecho. La razón por la que la notación es natural es la siguiente: dada una matriz diagonal $D$ con entradas positivas, podemos definir un producto interno mediante $$\langle x,y\rangle_D = x^TDy$$
Ahora todo producto interno $\langle \cdot, \cdot \rangle$ induce una norma por
$$\|x\| = \sqrt{\langle x, x \rangle }$$
o, en otras palabras,
$$\|x\|^2 = \langle x, x \rangle$$
Así que lo que el autor quiere decir es que la norma $\|x\|_D$ se define por
$$\|x\|_D = \sqrt{\langle x,y\rangle_D} = \sqrt{x^TDx}$$
o, para evitar la notación de raíz cuadrada,
$$\|x\|_D^2 = x^TDx$$
Supongo que la única correlación con el $2$ -es que ambos son inducidos por un producto interno.