Bueno, agitar un sep-funnel es una gran manera de crear una horrible emulsión intratable sin un límite de fase claro, así que no lo hagas (además, el tapón podría saltar en cuanto lo pongas en el suelo).
En cuanto a la ruptura de una emulsión, si tienes tiempo, sólo tienes que dejar el túnel de sepulturas en algún lugar y esperar unos días. Creo recordar que la primera y última vez que agité un sep-funnel el técnico del laboratorio añadió algo de sal a la emulsión de agua/éter dietílico, sin embargo no lo tengo claro.
Por último, considere la posibilidad de sacrificar parte de su producto extrayendo el embudo hasta la misma base donde comienza la emulsión, escurriendo la capa de emulsión por completo y tomando el resto. Si hay manchas de una fase en la otra, es posible que pueda eliminarlas con una pipeta.