Me gusta empezar colocando mi esquemático frente a mí. Por lo general, quieres que tus piezas estén dispuestas de tal manera que las pistas no tengan que recorrer más distancia de la necesaria.
Normalmente, cuando la gente hace esquemáticos intentan que sus esquemáticos sean "bonitos". Colocar tu tablero de la misma manera que tu esquemático suele ser un muy buen comienzo. Pero, antes de hacer eso, mira todo lo que necesitarás interactuar realmente, puertos USB, puertos de programación, botones, etc. y colócalos donde sea mejor para el producto final.
Una vez que tengas tus piezas colocadas, comienza a enrutado las pistas más importantes. Estas pistas son aquellas que tienen datos de alta velocidad y preferirías que no saltaran a diferentes lados del tablero.
Después de enrutado esas pistas, enruta tus pistas de alimentación. En este punto deberías ser capaz de descubrir cómo enrutar lo que quede de la mejor manera.
Por lo general, me lleva 3 o 4 iteraciones de colocar un tablero antes de estar satisfecho con lo que he hecho. Cada vez que lo hago, aprendo formas particulares en las que las pistas necesitan ser enrutadas para hacer el enrutado más sencillo.
Como nota final, si tienes la capacidad, sé flexible para cambiar qué pines se conectan a un periférico. Por ejemplo, si tienes un LED conectado a un microcontrolador, intenta usar un pin que esté más cerca de donde quieras que se coloque el LED en el tablero. Muchas veces no tienes esta libertad, pero es algo que debes intentar hacer si puedes.