Creo que una definición razonable de una inmersión de los anillos de espacios topológicos $f : X\to Y$ es :
$f$ induce un homeomorphism $X\to f(X)$;
Para cualquier $x\in X$, la canónica homomorphism $O_{Y, f(x)}\to O_{X,x}$ es surjective.
En la categoría de esquemas, esto implica que $f$ es un monomorphism (ver http://stacks.math.columbia.edu/tag/01L6). Que nos llame a tales morfismos de esquemas de R-inmersiones (R para rodeada de espacios topológicos). Las inmersiones de los planes en el estándar de sentido (EGA, pilas de proyecto) R-inmersiones.
Hecho 1. Si $X, Y$ son variedades algebraicas sobre el campo $k$ (esquemas de finito de tipo más de $k$), entonces cualquier R-inmersión $f: X\to Y$ es en realidad una inmersión.
Hecho 2. Más generalmente, un R-inmersión $f :X\to Y$ es una inmersión si y sólo si $f$ es localmente finitos tipo.
Ahora, ¿por qué las inmersiones se prefiera R-inmersiones ? Realmente no lo sé. Hecho 1 anterior podría ser una explicación. Una pregunta que no sé la respuesta es si R-inmersiones son estables por cambio de base (este es el caso de inmersiones). Si la respuesta es no, entonces esta es una razón más para preferir inmersiones a R-inmersiones.
Ejemplo de un R-inmersión, que no es una inmersión. Deje $X$ ser un esquema y deje $x\in X$. Luego de la canónica de morfismos $i_x: \mathrm{Spec}(O_{X,x})\to X$ $R$- inmersión. Sin embargo, si por ejemplo, $X$ es un infinito integral de sistema, y si $\xi$ es genérico punto, a continuación, $i_\xi$ no es una inmersión, porque $\{ \xi\}$ no está cerrado en $X$.
Edit: a último momento.
La pregunta inicial que puede interpretarse como sigue: dado un subconjunto $X$ en un esquema de $(Y, O_Y)$, es posible dotar a $X$ con la estructura de un esquema de $(X, O_X)$, siendo este último relacionado de alguna manera a $(Y, O_Y)$ ? Un primer requisito natural es la principal característica topológica del espacio de $X$ es dado a la inducida por la topología, esta es la Condición (1) en mi tentativa de definición de $R$-inmersión. Para la sheaf de funciones regulares, también es natural pedir que las funciones regulares en $X$ "inducida" por funciones regulares en $Y$ y mi Condición de (2) es un candidato natural.
Luego resulta que la respuesta es positiva para el cerrado de los subconjuntos de a $Y$. No veo otra categoría natural de subconjuntos para que la respuesta es positiva. De todos modos parece difícil de caracterizar los subconjuntos de a $Y$ para que la respuesta es positiva. Una condición necesaria es ser pro-edificable (aproximadamente hablando, posiblemente infinita intersección de la edificable subconjuntos), pero incluso edificable no es suficiente para obtener la estructura de subscheme en el sentido de $R$-inmersión (se puede demostrar que esta para el ejemplo clásico de construibles pero no localmente cerrado subconjunto del plano afín: quitar el $x$-hacha y agregar el origen de la espalda).