En primer lugar, creo que el functor del casco afín puede extenderse a la categoría de todos los $S$ -es decir, no sólo los cuasicompactos cuasi separados [ EDITAR esto puede ser cierto, pero el argumento que se da aquí no es correcto tal y como está, véase más adelante]. La suposición qcqs es útil porque asegura que la gavilla $A$ que es el pushforward de la gavilla de estructura es cuasicoherente y entonces se define el casco afín como Spec relativo de $A$ . Sin embargo, en toda la generalidad, existe un submódulo cuasi-coherente mayor de $A$ , igual a la imagen del mapa canónico $\oplus F_i\to A$ donde el $F_i$ son todos los submódulos cuasi-coherentes de $A$ . Llama a este submódulo más grande $A'$ . Es fácil ver que $A'$ tiene una multiplicación inducida, es decir, es una subálgebra. Entonces se ve que el esquema $Spec(A')$ sirve como un casco afín en todos los $S$ -esquemas.
[ EDITAR. De hecho, Fred señala que la imagen de $\oplus F_i\to A$ puede no ser cuasi coherente y en este caso el argumento se rompe. Perdón].
En cuanto a sus preguntas:
A. Partimos de la recta proyectiva sobre el anillo de enteros racionales, y dejamos que $D$ sea una sección de esa línea, es decir, un $\mathbb{Z}$ -punto. Eliminar el punto cerrado $D_2$ de la fibra en $2$ y llamar al resultado $X$ . Sea $S=Spec(\mathbb{Z})$ y $S'=Spec(\mathbb{F}_2)$ . Una función global sobre $X$ restringe a la fibra genérica a una función sobre $\mathbb{P}^1_{\mathbb{Q}}$ es decir, una constante racional, y se restringe a la línea afín $\mathbb{P}^1_{\mathbb{Z}}\setminus D$ a un polinomio en $\mathbb{Z}[T]$ , $T$ una coordenada. Así, el anillo de funciones globales sobre $X$ es de hecho $\mathbb{Z}$ . Por otra parte, es evidente que el anillo de funciones globales sobre la fibra especial $X_2$ es un gran anillo polinómico, por lo que la formación del casco afín no conmuta con el cambio de base $S'\to S$ .
B. He aquí un ejemplo sencillo: si $X$ es afín sobre $S$ entonces es igual a su casco afín y esto sigue siendo cierto universalmente, es decir, después de cualquier cambio de base (plana o no).