Basándose en su descripción, podría buscar en el Polígonos divididos en la barra de herramientas de Topología. Esto le permite utilizar un shapefile de líneas/polígonos para cortar un shapefile de polígonos. Necesitará una licencia de ArcInfo para ejecutarla. Además, tenga en cuenta que si intenta cortar muchos polígonos con muchos vértices, podría tardar un poco en procesar o podría colgarse o bloquearse dependiendo del hardware de su ordenador.
Una alternativa sería utilizar Característica a Polígono para convertir el shapefile de fronteras/líneas en polígonos, y luego Intersect con la otra capa de polígonos para trocearla. Feature to Polygon requiere una licencia de ArcInfo. Una alternativa a Feature to Polygon es instalar el programa ET GeoWizards Toolbar que tiene una herramienta Polylines to Polygons que hace lo mismo y es gratuita y no requiere una licencia de ArcInfo.