Se trata de encontrar o construir cantidades conservadas.
Cuando un objeto está sometido a fuerzas, en general la KE del objeto deja de ser una constante. Pero, ¿podemos añadirle algo para que volvamos a tener una cantidad conservada?
La gente derivó que por el teorema de Work-KE $$\Delta KE = \int_{t_i}^{t_f} \textbf{F}_{net} \cdot \textbf{v} dt$$ donde $$\textbf{F}_{net}=\textbf{F}_1+\textbf{F}_2+\cdots$$ es la fuerza neta que actúa sobre el objeto.
Entonces descubrimos que para alguna fuerza $$\int_{t_i}^{t_f} \textbf{F}_{k} \cdot \textbf{v} dt = \int_{\textbf{r}_i}^{\textbf{r}_f} \textbf{F}_{k} \cdot d\textbf{r}$$ que es independiente de la trayectoria y se denomina fuerzas conservadoras. Las fuerzas que no satisfacen esta propiedad se llaman fuerzas no conservativas.
Así que queremos "mover" estos términos al LHS y tenemos $$\Delta KE - \int_{\textbf{r}_i}^{\textbf{r}_f} \sum_{conservative} \textbf{F}_{k} \cdot d\textbf{r} = \int_{t_i}^{t_f} \sum_{nonconservative} \textbf{F}_{k} \cdot \textbf{v} dt$$
Así que tenemos el lado negativo porque los hemos "movido" al otro lado de la ecuación.
Ahora bien, si definimos $$PE_k(\textbf{r}_f)-PE_k(\textbf{r}_i)=-\int_{\textbf{r}_i}^{\textbf{r}_f} \textbf{F}^{conservative}_k\cdot d\textbf{r}$$ entonces tenemos $$\Delta KE + PE_1(\textbf{r}_f)-PE_1(\textbf{r}_i) + PE_2(\textbf{r}_f)-PE_2(\textbf{r}_i)+\cdots = \text{Work done by nonconservative forces}$$
Si no hay fuerzas no conservativas, o cuando las fuerzas no conservativas no hacen ningún trabajo, entonces tenemos la conservación de la energía, donde la energía total se define como la suma de KE y PE.
Tenga en cuenta que si está bien aceptar que la energía total es KE - PE, entonces está completamente bien definir PE sin el signo menos.
En cuanto a tu última pregunta, puedes imaginar que aplicas una fuerza que es sólo "ligeramente" mayor que la fuerza conservadora. Entonces el objeto se moverá muy lentamente. Cuando se acerque a la posición final, reduce tu fuerza para que sea sólo "ligeramente" menor que la fuerza conservadora, de modo que el objeto se ralentizará.
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Más información convenciones de signos y energía potencial .
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No sé exactamente qué tipo de explicación buscas, ya que al fin y al cabo los signos son sobre todo una consecuencia de la definición: Si definimos la energía potencial de forma que todo se mueva hacia el más bajo energía potencial, entonces hay que introducir un signo menos porque la derivada apunta fuera del mínimo, por lo que su negativo apunta hacia él. ¿Es eso lo que buscas o algo más?
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Así que el potencial va abajo cuando una pelota rueda por una colina.
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"He leído que el signo negativo significa que haces la misma fuerza pero en sentido contrario. ¿No significa eso que el objeto no debe moverse?" No es realmente relevante para la respuesta (o en cierto modo, lo es), pero recuerda que una fuerza neta nula significa que el objeto debe moverse con una velocidad constante, no que no deba moverse.
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Otra pregunta relacionada (¿duplicada?): ¿Por qué la energía potencial gravitatoria es negativa y qué significa?