Después de muchos años de usar altium designer esta vez me enfrenté a un nuevo problema.
Después de actualizar el esquema al documento de PCB muestra todos mis pads y pistas GND cubiertos por pequeños bloques negros como se muestra en la imagen:
No es problema de mi software porque muestra otros archivos correctamente, tampoco se trata de mis reglas porque aún no las he cambiado.