No soy usuario de Manifold, pero si puedes exportar tu mapa a un formato tiff, puedes usar Acrobat Professional o Nitro Reader (versión 7 del motor) para convertirlo a PDF. Personalmente, nunca he podido exportar con éxito un mapa complejo (una combinación de múltiples capas rasterizadas y vectoriales) a un PDF directamente desde una aplicación SIG. La única manera es exportar a Illustrator o CorelDRAW y luego convertir los gráficos a un PDF de calidad de prensa. (Para hacer esto con éxito en el caso de mapas complejos, es posible que tenga que exportar los vectores y las tramas por separado y luego combinarlos en el post-procesamiento.
La forma más fácil de obtener un resultado decente y relativamente pequeño en tamaño de archivo es exportar el mapa a tiff y luego convertirlo a PDF con Acrobat Pro. Si no tienes Acrobat Pro puedes usar Nitro pero debe ser el último lector de Nitro que utiliza el nuevo motor de renderizado que eventualmente formará parte del Nitro PDF Pro 7 si alguna vez sale a la luz. El Nitro Reader es el único software que (en mi opinión) se acerca a Acrobat cuando se trata de convertir tiff a PDF.
También recomiendo no usar productos Nitro para ver el PDF terminado en pantalla. La representación en pantalla es terrible en Nitro. Convierta con Nitro Reader y vea en el Adobe Reader gratuito. O simplemente obtenga Acrobat Pro.
Suelo exportar a tiff a 300 - 400 DPI. Mis mapas suelen tener varias capas rasterizadas de alta resolución con transparencias, hasta 50 capas vectoriales y entre 5 y 30 capas de anotaciones. Cuando exporto a tiff y luego convierto ese mapa en PDF con Acrobat Pro, el archivo resultante ocupa entre 1 y 2,5 MB para un mapa de 11x17" y entre 20 y 35 MB para un ANSI E de 34x44". La calidad de la imagen resultante es muy buena, pero se trata esencialmente de una imagen estática simplemente empaquetada dentro de un PDF.