En primer lugar, estoy postign esta pregunta tanto a la química y la física de intercambio de pilas, ya que no estoy seguro de que pertenece a la que y para utilizar los beneficios de ambos sitios.
He modelado los bucles que faltan en una estructura PDB utilizando chimera. ¿Debo ejecutar la MD o la minimización de energía en el archivo de salida?
Gracias de antemano.
Para ampliar el comentario de Mithoron, es absolutamente necesario equilibrar (o al menos minimizar la energía) tu sistema una vez que has introducido una perturbación apreciable de cualquier tipo (en este caso, ¡has cambiado apreciablemente el propio sistema!). Para que te hagas una idea, algunos cambios menores que aún justificarían el equilibrio son: cambios en la solvatación, la temperatura, la presión, la protonación de los aminoácidos, el estado de oxidación de los cofactores, etc.
Nota: por equilibrio, me refiero a dejar que el sistema se relaje en presencia del entorno. Por minimización, me refiero a minimizar la energía total de la proteína (explícitamente solvatada, a menos que estés haciendo alguna solvatación implícita o en fase gaseosa impar) en ausencia de temperatura y presión (0 K, sin termostato o barostato).
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