La razón por la que el resultado "parece contradictorio" es porque estás intentando estimar una integral indefinida. Una integral indefinida como $$ \int \frac1x dx $$ da un conjunto de respuestas. Así que $$ \int \frac1x dx = \{f: f(x) = \log x + a \text{ where } a \in \mathbb{R} \} $$ Así que la igualdad que tienes es en realidad una igualdad de conjunto. Es decir $$ \{f: f(x) = \log x + a \text{ where } a \in \mathbb{R} \} - 1 = \{f: f(x) = \log x + a \text{ where } a \in \mathbb{R} \} $$ y no hay nada malo matemáticamente.
Tus pasos no son erróneos, sólo que no tienen en cuenta la igualdad del conjunto que muestras.
La razón por la que $$ \int \frac1x dx = \log x + a $$ se debe principalmente a la definición de la función exponencial $\exp$ y su relación con el logaritmo $\log$ .