Ha utilizado la interfaz de usuario para crear el paquete (menú Archivo). La forma de crear paquetes de la UI es bastante sencilla. Crea un paquete que asegura que se abrirá en la versión más antigua del software que lee paquetes, así como en la versión actual. La versión actual es obviamente importante porque podría haber algo que sólo existe en la nueva versión y quieres ser capaz de mantener eso cuando alguien abra tu paquete en dicha "nueva" versión. En resumen, se trata de la compatibilidad hacia atrás, ya que puede poner su MPK en Internet y quién sabe qué versión del software tiene alguien que intenta abrir su paquete.
Si desea un control de grano fino sobre qué versión termina dentro de su paquete, utilice la herramienta de geoprocesamiento Package Map. La herramienta tiene un parámetro de versión. Podrías construir un paquete 10.6 solamente, teniendo así 1 carpeta y limitando el soporte a las versiones "más nuevas".
En cuanto a que un paquete Runtime crea sólo una carpeta v101 -- estás construyendo un paquete para una aplicación muy específica (Runtime). Sí, es utilizable en ArcMap, pero al seleccionar la opción Runtime, está diciendo que este paquete está destinado a ser utilizado en una aplicación Runtime. Runtime tiene su propia lista de características que soporta. El "contrato" que tienen el paquete v101 y la aplicación Runtime es que la aplicación entiende el contenido de la carpeta v101. Los equipos de ArcMap y Runtime han resuelto la compatibilidad, por lo que se mantiene esta carpeta v101 singular a pesar de la versión de ArcMap y Runtime que esté utilizando. (La cantidad de trabajo para incrementar algo tan aparentemente simple como el número de versión de una carpeta está más allá de lo que cualquiera podría imaginar, así que si no es necesario que ocurra: no lo hace)