En realidad necesitas poco más de 2 kHz de frecuencia de muestreo para muestrear correctamente las ondas sinusoidales de 1 kHz. Es $$ f_N < f_S / 2 $$ no $$ f_N \le f_S / 2 $$
P.D. Si se lleva la señal al espacio complejo, donde una sinusoide es de la forma $$v(t) = Ae^{j(2 \pi f t - \theta)} = A(\cos(2 \pi f t - \theta) + j \sin(2 \pi f t - \theta))$$ donde t es el tiempo, A es la amplitud, f es la frecuencia, y es el desfase, $$ f_N = f_S / 2 $$ es el punto en el que la frecuencia se "dobla", es decir, no se puede distinguir f de -f . Los aumentos de frecuencia posteriores aparecerán, tras el muestreo, con la frecuencia de muestreo restada, en el caso de una sinusoide pura.
No sinusoides
Para el caso de una onda cuadrada a 1 kHz con un ciclo de trabajo menor o igual al 10% que se muestrea a 10 kHz, estás entendiendo mal la entrada.
En primer lugar, hay que descomponer la forma de onda en una serie de Fourier para averiguar cuáles son las amplitudes de los armónicos que la componen. Probablemente se sorprenderá de que los armónicos de esta señal sean bastante grandes a partir de los 5 kHz. (La regla general es que el tercer armónico es 1/3 del fundamental y el quinto es 1/5 del fundamental), sólo se aplica a las ondas cuadradas de ciclo de trabajo del 50%. .)
La regla general para una señal de comunicaciones es que su ancho de banda complejo es el mismo que el inverso del tiempo de su pulso más pequeño, así que en este caso estás buscando un ancho de banda mínimo de 10 kHz (-5 kHz a 5 kHz) para un ciclo de trabajo del 10% con la fundamental a 1 kHz (es decir, 10 kbps).
Lo que te arruinará es que estos fuertes armónicos de orden superior se plegarán e interferirán (constructiva o destructivamente) con tus armónicos de la banda, por lo que es perfectamente esperable que no consigas un buen muestreo porque mucha información está fuera de la banda de Nyquist.