Utilice un control.select añadido a una capa vectorial, se puede ver un ejemplo de dibujo y selección de un polígono aquí
Al mostrar su ventana emergente, incluiría los campos que necesitan ser actualizados, junto con un botón para actualizar su base de datos usando AJAX, o podría actualizar algunos elementos html según el ejemplo que proporcionó.
Este es un ejemplo de uso del control.select y tomando parte del código del ejemplo que proporcionaste:
function onFeatureSelect(feature) {
selectedFeature = feature;
popup = new OpenLayers.Popup.FramedCloud("chicken",
feature.geometry.getBounds().getCenterLonLat(),
null,
"<div id='"+ vid + "'><input type='hidden' name='lat' value='"+ addLat.lat + "'><input type='hidden' name='lon' value='"+ addLat.lon + "'><button onclick=removeSite('"+ vid + "')><img src='images/editing-delete-icon.png' height='40' alt='Delete Site'></button><textarea name='comment' placeholder='Site Description'></textarea><br/></div>",
null, true, onPopupClose);
feature.popup = popup;
map.addPopup(popup);
}
function onFeatureUnselect(feature) {
map.removePopup(feature.popup);
feature.popup.destroy();
feature.popup = null;
}
selectControl = new OpenLayers.Control.SelectFeature(polygonLayer,
{onSelect: onFeatureSelect, onUnselect: onFeatureUnselect});
map.addControl(selectControl);
Tendrá que modificar el código de la ventana emergente para actualizar su base de datos a través de una llamada AJAX o algunas áreas HTML adicionales en su página.