Utilicemos un sistema de coordenadas donde una de las esferas esté en el origen. La otra viaja a lo largo de una línea recta en dirección $\vec{p}_\Delta = (x_\Delta, y_\Delta, z_\Delta)$, en $\vec{p}_0 = (x_0, y_0, z_0)$ en el tiempo $t = 0$, y en $\vec{p}_0 + t \vec{p}_\Delta = (x_0 + t x_\Delta, y_0 + t y_\Delta, z_0 + t z_\Delta)$ en el tiempo $t$. Sea $R$ la suma de los radios de las dos esferas, es decir, la distancia entre los centros de las dos esferas que nos interesa. En el momento en que las dos esferas se tocan, tenemos $$\begin{aligned} \lVert \vec{p}_0 + t \vec{p}_\Delta \rVert &= R \\ \iff \quad \lVert \vec{p}_0 + t \vec{p}_\Delta \rVert^2 &= R^2 \\ \iff \quad (x_0 + t x_\Delta)^2 + (y_0 + t y_\Delta)^2 + (z_0 + t z_\Delta)^2 &= R^2 \\ \iff \quad (x_\Delta^2 + y_\Delta^2 + z_\Delta^2) t^2 + 2 (x_0 x_\Delta + y_0 y_\Delta + z_0 z_\Delta) t + (x_0^2 + y_0^2 + z_0^2 - R^2) &= 0 \\ \end{aligned}$$ Esta es una ecuación cuadrática en $t$, y se resuelve fácilmente: $$\begin{aligned} t = &- \frac{x_0 x_\Delta + y_0 y_\Delta + z_0 z_\Delta}{x_\Delta^2 + y_\Delta^2 + z_\Delta^2} \\ ~ &\pm \frac{\sqrt{R^2 ( x_\Delta^2 + y_\Delta^2 + z_\Delta^2) - (x_0 y_\Delta - y_0 x_\Delta)^2 - (x_0 z_\Delta - z_0 x_\Delta)^2 - (y_0 z_\Delta - z_0 y_\Delta)^2}}{x_\Delta^2 + y_\Delta^2 + z_\Delta^2} \\ \end{aligned}$$ Obviamente, solo los valores positivos de $t$ son interesantes, ya que solo esos corresponden a colisiones en el futuro.
El denominador, $\lVert \vec{p}_\Delta \rVert^2 = x_\Delta^2 + y_\Delta^2 + z_\Delta^2$, es cero solo cuando las dos esferas están estacionarias una con respecto a la otra (es decir, viajando en la misma dirección con la misma velocidad).
La expresión dentro de la raíz cuadrada es no negativa solo si las trayectorias son tales que las dos esferas se tocan/se intersecan en algún punto.
Si tienes dos esferas viajando a lo largo de líneas rectas, $\vec{a}_0 + t \vec{a}_\Delta$ y $\vec{b}_0 + t \vec{b}_\Delta$, la posición de la segunda esfera ($\vec{b}_0 + t \vec{b}_\Delta$) en un sistema de coordenadas donde la primera esfera está en el origen es $$\left\lbrace ~ \begin{aligned} \vec{p}_0 &= \vec{b}_0 - \vec{a}_0 \\ \vec{p}_\Delta &= \vec{b}_\Delta - \vec{a}_\Delta \\ \end{aligned} \right.$$ Calculando la expresión en la raíz cuadrada anterior, $$D = R^2 ( x_\Delta^2 + y_\Delta^2 + z_\Delta^2) - (x_0 y_\Delta - y_0 x_\Delta)^2 - (x_0 z_\Delta - z_0 x_\Delta)^2 - (y_0 z_\Delta - z_0 y_\Delta)^2$$ es suficiente para determinar si las trayectorias de las dos esferas pueden intersectarse: Si $D \lt 0$, no hay intersección. Si $D = 0$, hay una intersección. Si $D \gt 0$, hay dos intersecciones. Sin embargo, es necesario calcular $t$ como se indicó arriba, para averiguar si la(s) intersección(es) ocurre(n) en el futuro.
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No has descrito los movimientos de las esferas.
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Lo siento, se están moviendo en línea.
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También debes describir la velocidad.
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No se están acelerando si eso es lo que quieres decir.
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Cada esfera tendrá una velocidad y dirección, ambas permanecerán constantes hasta que se produzca una colisión con otra esfera.
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Quizá encuentres útil mi respuesta anterior sobre cómo calcular esto en StackOverflow. El álgebra implicada consiste en resolver una ecuación cuadrática en el tiempo $t$, por lo que está dentro del material que un estudiante de secundaria conocerá.