La importancia del laplaciano es un reflejo de la importancia de la geometría riemanniana, tanto por sí misma como en estos otros campos. (Obviamente, a falta de una generalización, no se puede tener un laplaciano sin una métrica riemanniana). En la geometría de Riemann, el laplaciano es el primer operador diferencial lineal escalar disponible que es "covariante", es decir, que depende sólo de la estructura de Riemann y no de opciones adicionales como las coordenadas.
Es natural que la primera estructura posible no trivial de un tipo dado sea fundamental. Una de las razones es que puede ser una aproximación a algo más con términos de orden superior. Por ejemplo, en la ecuación de onda, si se entiende como un modelo realista de las ondas sonoras, en realidad hay todo tipo de efectos de orden superior, no lineales; pero se empieza con el operador de Laplace como la aproximación correcta para las ondas pequeñas. Tiene que ser correcta porque es la única disponible. Lo mismo ocurre con el calor y la ecuación del calor.
En realidad, ocurre algo interesante si se relaja el uso de la palabra "escalar". Si tienes una variedad de espín, entonces hay un operador de Dirac, que es un operador similar al Laplaciano que es igual de importante. Pero incluso aparte de esa construcción, hay otros operadores, como el laplaciano de Hodge, que actúan sobre campos vectoriales y tensoriales en lugar de sobre funciones escalares. No son exactamente iguales que el Laplaciano original, pero suelen recibir el mismo nombre.