Voy a esbozar una solución asumiendo la relación dada por el OP para $A_n$ que parece correcto. Primero algunas notaciones para simplificar las cosas: dejemos que $c=\sqrt{1-4x^2}$ y $Y_{1,2}=\frac{1 \pm c}{2}$ . Primero demostraremos que:
$Y_1^n-Y_2^n=cQ_n(x)$ donde $Q_n(x), n \ge 0$ es un polinomio integral en $x$
Desde $Y_{1,2}$ son las raíces de la ecuación $Y^2-Y+x^2=0$ se deduce por las relaciones de Newton que cualquier polinomio simétrico $\sigma(Y_1,Y_2)$ es un polinomio integral en $x$ y como $Y_1-Y_2=c$ la afirmación anterior se deduce al factorizar $Y_1^n-Y_2^n$
Pero ahora $1-A_{n+1}(x) = \frac{1-A_n(x)-x^2}{1-A_n(x)}$ implica $(1-A_{n+1}(x))(1-A_{n}(x))=\frac{p_{n+1}(x)}{p_n(x)}$ . Observando que también $1-A_{n}(x)=\frac{x^2}{A_{n+1}(x)}$ obtenemos:
$\frac{p_{n+1}(x)}{p_n(x)}=\frac{x^2}{A_{n+2}} \frac{x^2}{A_{n+1}}$ así que multiplicando estas relaciones nos da:
$p_{n+1}(x)=\Pi_{k=2}^{k=n+2}\frac{x^2}{A_k(x)}\Pi_{k=1}^{k=n+1}\frac{x^2}{A_k(x)}$
Según el cálculo de la OP $\frac{x^2}{A_k(x)}=\frac{Y_1^{k+1}-Y_2^{k+1}}{Y_1^k-Y_2^k}$ ,
que da inmediatamente:
$p_{n+1}(x)=\frac{Y_1^{n+3}-Y_2^{n+3}}{Y_1^2-Y_2^2}\frac{Y_1^{n+2}-Y_2^{n+2}}{Y_1-Y_2}$
Ahora $Y_1-Y_2=c, Y_1^2-Y_2^2=c$ Así que..:
$p_{n+1}(x)=Q_{n+3}(x)Q_{n+2}(x)$ ¡integral por lo que hemos terminado!