Me parece que openWind funciona normalmente muy bien, así que, sin más información, sospecho que tienes razón en lo de los SRI desajustados. Según la documentación:
openWind se basa fundamentalmente en una cuadrícula de metros, por lo que la proyección sólo entra en juego al convertir a y desde coordenadas geográficas. openWind no realiza la proyección sobre la marcha, por lo que es importante no mezclar datos GIS de un datum cartográfico con datos de otro.
Compruebe en qué CRS se encuentran sus capas utilizando las propiedades de las capas en QGIS y, a continuación, exporte una o ambas capas según sea necesario en el mismo CRS (no WGS84). Para la capa vectorial es tan sencillo como hacer clic con el botón derecho del ratón en la capa y elegir Save As
. En el cuadro de diálogo, establezca el CRS de salida. Para su trama vaya a Raster->Proyecciones->Warp y allí podrá establecer el SRS de destino en el cuadro de diálogo.