"Mi pregunta es ¿cómo estamos obteniendo la pérdida de energía sin tener en cuenta ningún término que la cause en absoluto? ¿O lo hemos tomado y me lo he perdido?"
Sabes, yo también me quedé perplejo con la misma pregunta cuando se me presentó el hecho de que hay una pérdida de energía al pasar de una configuración de un solo condensador cargado a una configuración en la que el mismo cambio se distribuye entre dos condensadores. El hecho básico es que si asumes que (1) la carga se conserva y (2) los voltajes a través de cada uno de los dos condensadores en la configuración de dos condensadores son iguales entre sí, entonces la energía total de la configuración de un condensador DEBE ser mayor que la energía total de la configuración de dos condensadores por la cantidad mostrada por la ecuación que presentaste. La única manera de conseguir que las energías de las dos configuraciones de condensadores diferentes sean iguales entre sí es hacer algo como añadir algo de carga a la configuración de dos condensadores para elevar su energía un poco hasta el mismo valor de energía que la configuración de un condensador.
Es interesante que no tengamos que considerar ningún mecanismo de pérdida de energía en particular para llegar a esta conclusión de que una parte de la energía debe perderse por el calor, las vibraciones, el sonido, etc., pero hay otros ejemplos que son similares a éste. Por ejemplo, supongamos que tenemos dos peceras rectangulares de 50 galones, una de las cuales está llena de agua y la otra vacía. Hay una pequeña conexión de tuberías entre las dos peceras cerca de sus fondos y una válvula para que puedas abrir esta conexión de tuberías y permitir que el agua fluya entre ellas. Abre la válvula y observa cómo el agua de la pecera completamente llena fluye silenciosamente hacia la otra pecera hasta que el agua de las dos peceras se nivela entre sí y el flujo se detiene.
Podrías pensar que, en principio, es posible que no se perdiera energía al hacer el trasvase de agua, pero si realmente calculas la energía potencial gravitatoria total de asociada a la configuración inicial de la pecera (es decir, toda el agua en una pecera) con la energía potencial gravitatoria total de asociada a la configuración final de la pecera, encontrarás que hay una diferencia de energía: Alguna cantidad de energía DEBE haberse perdido necesariamente en calor, sonido, etc. al transferir el agua de una pecera a otra de esta manera.