Diseño anidado -- función adonis en el paquete vegano R

Question

Estoy utilizando la función adonis en el vegano para determinar las diferencias en las disimilitudes de una comunidad (congéneres de PCB) entre varios factores diferentes.

## Adonis Model
pcbtest3 <- adonis(pcbcong ~ BASIN + FISH_CLASS + REACH, 
                   data = pcbcov, method = "bray",
                   permutations = 999)
## pcbcong=matrix of community dissimilarities

BASIN tiene 3 niveles, FISH_CLASS tiene dos niveles y REACH tiene dos niveles. Me gustaría utilizar este procedimiento para ejecutar un modelo en el que BASIN está anidado y comprueba directamente las similitudes de la comunidad entre los factores, FISH_CLASS y REACH . ¿El uso de adonis() dentro de lo vegano parece razonable?

Answer 1

Actualmente estoy utilizando este paquete también para los datos de calidad del agua donde tomé muestras longitudinalmente a lo largo de un corredor de la corriente. Usted tiene una cuenca y un tramo, que son interdependientes (es decir, los sitios en la misma cuenca tienen más probabilidades de ser los mismos, así como los del mismo tramo). Yo utilizaría el alcance y la cuenca como términos de bloqueo en la variable de estratos. Usted quiere saber si la clase de peces es diferente, pero no quiere que el hecho de que estén en la misma cuenca o alcance confunda las cosas:

PERM <- adonis(mydata ~ fish_class, permutations = 999, method = "bray", data = alldata, strata = basin + reach)

Vea si eso funciona.... siempre puede ejecutar la clase de peces contra un solo término de bloqueo y hacerlo dos veces (primero el alcance y luego la cuenca) para asegurarse de que la interdependencia no está confundiendo sus resultados.