Si $q\ge 2$ entonces $2^q-1\equiv -1\pmod{4}$ .
Cualquier producto de primos (distintos o no) que sea congruente con $1$ modulo $4$ es a su vez congruente con $1$ modulo $4$ .
Desde $2^q\equiv -1\pmod{4}$ se deduce que no todos los divisores primos de $2^q-1$ puede ser congruente con $1$ modulo $4$ .
Del mismo modo, cualquier número entero positivo de la forma $3k-1$ tiene un divisor primo de la forma $3k-1$ .
En cuanto a la $\gcd$ pregunta, ha sido formulada y respondida muchas veces, y de muchas maneras. En general, $$\gcd(2^a-1,2^b-1)=2^{\gcd(a,b)}-1.$$ Y el $2$ no es importante. Una búsqueda rápida dio este enlace de MSE.
Una forma es hacerlo por inducción sobre el máximo de $a$ y $b$ . Digamos que es $b$ y que $a\lt b$ . Tenga en cuenta que $2^b-1=(2^a-1)2^{b-a}+(2^{b-a}-1)$ . De esto podemos concluir que $\gcd(2^a-1,2^b-1)=\gcd(2^a-1,2^{b-a}-1)$ . Pero $\gcd(a,b-a)=\gcd(a,b)$ .