QGIS herramienta de muestreo de puntos más rápida que en PostGIS - ¿cómo mejorar la consulta?

Question

Mi tabla de puntos tiene 246,338 características y la tabla de polígonos tiene 43,957 características. Estoy relacionando los valores de un atributo de los polígonos para actualizar una columna en la tabla de puntos.

Esta pregunta es similar a Speed up point sampling with ST_Value function in PostGIS, raster/vector overlay pero esa pregunta aborda específicamente el muestreo de puntos de ráster, no polígonos, utilizando ST_Value, y el tamaño óptimo de almacenamiento de mosaicos de ráster.

Ambas tablas han tenido mantenimiento realizado y tienen índices espaciales que están actualizados. Los polígonos son registros de tasas de aplicación de fertilizantes aplicadas a un campo y son bastante desordenados con muchos superpuestos:

La tabla de polígonos ha sido comprobada para geometrías inválidas y estas han sido corregidas. Al correr ST_NPoints me dice que hay un promedio de solo 5 vértices por polígono así que ST_Simplify no es necesario. El tamaño promedio del polígono es de 112 m2 y van desde 0 (solo 60 de ellos) hasta 826 m2. No puedo disolver (ST_Union) polígonos en nada porque necesito los valores numéricos únicos de fertilizante de esos polígonos individuales.

He intentado dos consultas en PostGIS, pero las he abandonado después de ejecutarlas durante unas horas:

Consulta 1:

update puntos
set tasa_fert = tasa
from puntos a, polígonos b
where st_intersects(a.geom, b.geom);

Consulta 2:

with muestra_punto as (
  select tasa
  from puntos a, polígonos b
  where st_intersects(a.geom, b.geom)
)

update puntos
set tasa_fert = muestra_punto.tasa
from muestra_punto;

Tener a QGIS leyendo las tablas desde la base de datos y corriendo la herramienta de 'muestreo de puntos' solo toma un par de minutos. Sin embargo, esta no es la solución óptima por muchas razones, particularmente porque la salida debe ser guardada como un shapefile, los encabezados se truncan a 10 caracteres, y luego deben ser importados nuevamente a la base de datos, nombres de encabezado corregidos, etc.

Mis preguntas son:

1. ¿Qué está haciendo QGIS en su algoritmo que yo no tengo en mi consulta?
2. ¿Cómo puedo incorporar esa ventaja en mi enfoque para no tener que salir fuera de mi base de datos?

Me gustaría mantener cualquier sugerencia/solución dentro de PostGIS/QGIS.

Estoy usando PostGIS 2.4.1 y QGIS 2.18.14 en un equipo Windows 10.

EDIT: En respuesta a los comentarios de John Powell y Thingamubob, ejecuté EXPLAIN ANALYZE en las dos consultas anteriores. Ambas tablas tuvieron un vacuum/analyze realizado justo antes de correr EXPLAIN ANALYZE. Aquí está la salida para el resultado de la primera consulta:

Y aquí está la salida de la segunda consulta, la que utiliza el CTE:

Cada una de estas consultas EXPLAIN ANALYZE tomó alrededor de una hora para ejecutarse.

Answer 1

¿Funciona mejor con un inner join en lugar de un full outer join? Espero que un inner join haga un mejor uso de los índices, mientras que el full outer join ensamblaría cada combinación posible y luego evaluaría los resultados.

(Esto fue editado con la presunción de que tiene una columna clave llamada "id" con una clave primaria de un solo campo o un índice único)

with pnt_sample as (
  select a.id, b.rate
  from points a
  JOIN polys b
  ON st_intersects(a.geom, b.geom)
)

update points p
set p.fert_rate = ps.rate
from pnt_sample ps
where p.id = ps.id;

Alternativamente:

update points
set a.fert_rate = b.rate
from points a JOIN polys b
ON st_intersects(a.geom, b.geom);

Relacionado: Adquiriendo velocidad similar a ArcGIS en PostGIS y https://stackoverflow.com/questions/17946221/sql-join-and-different-types-of-joins

Si los polígonos se superponen, entonces elegir el valor correcto puede requerir algún agrupamiento.