Análisis estadístico de las secuencias de proteínas mutantes

Question

Digamos que hay una tabla como la siguiente, en la que para cada proteína o péptido mutante (A, B, C, etc.) tenemos una columna de información de unión y otra de información funcional (verdadero/falso), y para cada aminoácido de esa proteína, tenemos algún tipo de propiedad del aminoácido como la hidrofobicidad:

Protein Binding Functional     1  2  3  4  5  6  7  8  9 10  
A          0         0        13 96 39 77 70 94 96 29 22 82    
B          0         1        94 45  2  2 11 46 50 77  7 99    
C          0         1        66 71 97 37 14 77 89 92 12 72    
D          1         1        11  8 94 73 16 53  2 27 54 97    
E          1         1        31 62 49 51  2 86 91 49 61  7    
F          1         0         2 42 65 42 54 41 45  9 71 20    
G          0         0        26 44 56 65 61 43 56 90 70 86    
H          0         1        54 99 68 64 94 81 85  0 50 84    
I          1         1        27 52 76 12 46 38 24 74 11 90    
J          1         1         1 58 77 50 72 51 87 99 47 67  

¿Qué pruebas estadísticas recomendaría para:

1. Comprueba si la diferencia entre las medias de cada mutante es estadísticamente significativa.
2. Ver si la propiedad de los aminoácidos puede relacionarse en algún lugar con las propiedades de unión y funcionales.

Gracias de antemano.

Answer 1

Yo utilizaría un modelo de intercepción aleatoria para los datos que se dan. Los números (propiedad de los aminoácidos) como variable dependiente de nivel 1; las proteínas como nivel 2; y la unión y funcional como variables explicativas de nivel 2.

Los códigos en R deberían ser algo así (probablemente también transformaría los datos a forma larga primero):

lmer(amino~binding+functional+(1|protein))

Entonces, para responder a la pregunta 1, se comprobaría si la varianza del intercepto aleatorio es estadísticamente significativa mediante la prueba de razón de verosimilitud.

Los coeficientes de la unión y de la función y sus errores estándar deberían responder a la pregunta 2.