Su técnica tendrá que variar en función de la escala de las diferencias geométricas y del tipo de geometría.
Polígono a Polígono podría ser fácil (crear puntos de la capa de geometría pobre -> unir espacialmente a la geometría buena -> buscar polígonos tienen múltiples o ningún punto -> ajustar manualmente esos)
Punto a punto también podría ser fácil (búsqueda del vecino más cercano -> ajuste manual para múltiples o ninguna coincidencia dentro de una tolerancia)
En ambos casos tendrás que realizar iteraciones en las tolerancias para conseguir un equilibrio entre una buena confusión de datos y las ediciones manuales. Es difícil conseguir un 100% de automatización, pero si consigues un 80% te habrás ahorrado una TONELADA de trabajo manual.
El enfoque de línea a línea es más difícil, pero puede funcionar, aunque puede requerir algunos esfuerzos adicionales de filtrado/tolerancia para conseguirlo. (tal vez buscar la misma longitud/azimut de las líneas, así como la proximidad).
FME, de Safe Software, tiene algunos buenos transformadores (cajas de herramientas) que puedes encadenar para hacer algunas combinaciones impresionantes. Permiten que las cosas se ejecuten rápidamente y que puedas ver rápidamente tus resultados en la memoria, ejecutar escenarios alternativos, generar métricas, etc.