Una ecuación diferencial es lineal si la(s) variable(s) dependiente(s) y sus derivadas aparecen linealmente en la DEqn. En otras palabras, si la DEqn es una combinación lineal de $u,u_x,u_y, u_{xy}, u_{xx},...$ entonces la DEqn será lineal. Aquí los coeficientes de la combinación pueden ser funciones no lineales de las variables independientes $x,y,...$ en su notación actual.
Por ejemplo,
$$uu_x+u_y=0$$
no es lineal porque tiene un término con un producto de términos dependientes $u$ y $u_x$ . Por otro lado,
$$ u_x+x^2u_{yy}+\sin(xy)u_{yy}=0$$
es una EDP lineal y como tal vez puedas ver los términos dependientes aparecen linealmente.
¿Qué es una combinación lineal? Dado $v_1,v_2,...v_k$ una combinación lineal de los $v_j$ de más de $S$ es
$$ s_1v_1+s_2v_2+ \dots s_kv_k $$
donde $s_1,s_2,\dots s_k \in S$ . Dicho todo esto, el patrón que señalo aquí se da simplemente para asegurar que la EDP se puede escribir como un operador lineal. Creo que la respuesta de Robert Miller va a este punto.