No se puede. Como dices, los vectores propios de esta matriz dependen del tiempo, por lo que no sirve hacer combinaciones lineales de $c_1$ y $c_2$ utilizando estos vectores propios, porque la derivada temporal introducirá términos adicionales por la regla del producto.
Lo que puedes hacer, es tratar de escribir $c_1(t) = \alpha(t) x(t)$ y $c_2(t) = \beta(t) y(t)$ y tratar de elegir $\alpha(t)$ y $\beta(t)$ de manera que el sistema se simplifique. Resulta que si se elige $\alpha(t) = e^{-B t}$ y $\beta(t) = e^{B t}$ se obtiene \begin{equation} \begin{pmatrix} \frac{\text{d} x}{\text{d} t} \\ \frac{\text{d} y}{\text{d} t} \end{pmatrix} = \begin{pmatrix} 0 & -e^{2 B t} V(t) \\ - e^{-2 B t} V(t) & 0 \end{pmatrix} \begin{pmatrix} x \\ y \end{pmatrix} . \fin{s} de la ecuación Esto equivale a la EDO de segundo orden \begin{equation} \frac{\text{d}^2 x}{\text{d} t^2} - \left(2 B + \frac{V'(t)}{V(t)}\right)\frac{\text{d} x}{\text{d} t} - V(t)^2 x = 0, \end{equation} que es de tipo Sturm-Liouville. Para el general $V(t)$ Sólo existen resultados generales para las soluciones de dichas ecuaciones (véase, por ejemplo, Titchmarsh, Expansiones de funciones propias ). Si $V(t)$ es periódica en el tiempo, sin embargo, se puede invocar Teoría de Floquet .