Estoy echando de menos todas las herramientas de procesamiento habituales en el menú Vector de QGIS 2.16 (por ejemplo, Superposición de vectores, Análisis, etc). Aparecen en la caja de herramientas de procesamiento, pero no hay señal de ellas en el menú Vector. ¿Alguien ha tenido este problema?
¿Qué entradas de registro de Windows eliminaste? Eliminar la carpeta ".qgis2" y todas las demás carpetas relacionadas con OSGeo4W y QGIS no ayudó en mi caso (estoy usando el instalador de OSGeo4W). Después de la reinstalación, QGIS sigue apareciendo con todas sus configuraciones anteriores (complementos, conexiones de base de datos, configuraciones ...). Para los usuarios con acceso restringido al registro, esto es realmente molesto.
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Esto también me sucedió a mí y me di cuenta de que había dos instancias de QGIS ejecutándose.