Ir a:
DXP -> Preferencias -> Historial local -> Número de días para mantener los documentos en el historial -> [número]
Aquí puedes establecer la historia local. También hay una opción para hacer una copia de seguridad en un servidor, guardar los autoguardados en el historial y el intervalo de autoguardado. El intervalo de autoguardado es demasiado corto y los autoguardados se guardan en el historial.
El modelo preferido es guardar el último [número] guarda pero Altium16
no tiene esta característica. Dependiendo del proyecto (importancia), yo establecería las preferencias. En tu situación limpiaría la carpeta del historial cada uno o dos días.
Las copias de seguridad automatizadas ayudarán mucho en la recuperación de archivos antiguos. Mientras tengas cuidado con los cambios no es necesario mantener la carpeta del historial.