R multcomp: contrastes para Tukey

Question

Quiero usar la función glht() del paquete multcomp.

En el argumento linfct, proporciono mis funciones lineales a ser probadas. Proporciono contrastes allí, como (por ejemplo) c("Grupo1 - Grupo2 = 0", "Grupo1 - Grupo3 = 0") para comparar el grupo número 1 contra los otros grupos.

Quiero hacer la prueba de Tukey de esta manera. Vi que podría hacer (por ejemplo) mcp(Group='Tukey') para esto, pero esto hace todas las comparaciones de a pares y solo quiero contrastes específicos. ¿Cómo puedo hacerlo?

Answer 1

Encontré una posibilidad por mí mismo usando la función contrMat(). Por ejemplo, uno puede hacerlo

M   <- aov(y ~ x - 1, data = ex)             # el modelo
cM1 <- contrMat(n=table(ex$x), type='Tukey') # la matriz de contraste completa
cM2 <- cM1[1:2,]                             # 1 vs 2 y 1 vs 3 solamente
summary(glht(M, linfct = cM2))               # 1 vs 2 y 1 vs 3 solamente

donde ex es

structure(list(y = c(2.85, 3.1, 3.01, 3.04, 2.91, 2.91, 3.52, 3.56, 3.67, 3.3, 3.36, 4.89, 5.12, 4.78, 4.67, 4.96, 5.12), x = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("1", "2", "3"), class = "factor")), .Names = c("y", "x"), row.names = c(NA, -17L), class = "data.frame")

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