La suya es una pregunta mucho mejor de lo que puede parecer a primera vista.
La transformada de Fourier de un seno/coseno es un par de deltas de Dirac \$\delta\$ funciones en \$\pm f_c\$ . La función delta de Dirac puede pensarse como el equivalente en frecuencia continua de los coeficientes de frecuencia discreta de la expansión de la serie de Fourier .
La razón por la que los mezclamos en EE es por conveniencia analítica. Mira el siguiente ejemplo.
Supongamos que, como parte de un sistema de transmisión, tenemos un modulador que toma una señal de banda base \$x(t)\$ y modula una portadora \$\cos(\omega_c t)\$ con ella, de manera que se obtiene una señal modulada \$s(t)=x(t)\cos(\omega_c t)\$ .
Si luego queremos calcular el espectro \$S(f)\$ de la señal modulada \$s(t)\$ nosotros hacer necesitan la transformada de Fourier de la portadora \$\cos(\omega_c t)\$ . En este caso:
$$ S(f) = \frac{1}{2} [X(f-f_c)+X(f+f_c)] $$
donde \$X(f)\$ es la transformada de Fourier (también conocida como espectro) de \$x(t)\$ .
Así, los componentes espectrales de la señal de banda base de \$x(t)\$ se han "desplazado hacia arriba en el espectro de frecuencias" en torno a la portadora \$f_c\$ . Este resultado es la piedra angular de las comunicaciones por radio.
Pero, ¿cómo hemos obtenido el resultado anterior, que parece engañosamente sencillo? Se obtiene a partir de la convolución de \$X(f)\$ con la transformada de Fourier de la portadora (el par delta de Dirac que mencionamos al principio). Este sencillo cálculo no podría haberse realizado sin utilizar la transformada de Fourier de la función seno/coseno. Por eso la definimos: porque la necesitamos.
Al final, la cuestión es que en EE solemos utilizar funciones periódicas seno/coseno junto con la señal aperiódica portadora de información, y tenemos que analizarlos juntos dentro del mismo marco matemático la transformada de Fourier.
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Las transformadas de Fourier convierten una señal del dominio temporal al dominio frecuencial y viceversa. El uso de una u otra depende de cuál sea más útil, lo que a su vez depende de lo que estemos haciendo.
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¿Cuál es su sugerencia para una alternativa mucho mejor? ¿Bioritmos?
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No está claro lo que pregunta. ¿Preguntas por qué podemos hacer una FFT de un seno o coseno puro (y obtener una distribución como respuesta), o preguntas por qué, desde que descomponemos funciones aperiódicas en sumas (infinitas) de funciones periódicas, la herramienta de las series de Fourier ya no es un enfoque viable?
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He escrito FFT más arriba, cuando debería haber escrito FT.
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Sugiero no cerrar esta pregunta. Es una pregunta muy interesante (y legítima) sobre por qué utilizamos unas herramientas analíticas (matemáticas) en lugar de otras. Tiene implicaciones prácticas en la teoría de señales.
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Voto por cerrar esta pregunta como off-topic porque pertenece a Math SE.
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También creo que debería seguir abierta, sobre todo porque tiene una buena respuesta adaptada a EE.
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No tienes que hacerlo, mira la descomposición wavelet