Solo como una solución alternativa a la respuesta de qbert.
Nótese que $|x|$, $|y|$ no son estrictamente menores que $r$, sino que en cambio $|x| \leq r$, $|y| \leq r$. Esto aún puede asegurar que $r^2 \geq y^2$ y así $\sqrt{r^2-y^2}$ sea real.
Después de la primera integral
$$ \int_{-r}^r\int_{-\sqrt{r^2-y^2}}^{\sqrt{r^2-y^2}}\mathrm dx\mathrm dy= \int_{-r}^r2\sqrt{r^2-y^2}\mathrm dy $$
En lugar del cambio de variable, puede recordar la integral conocida:
$$\int \sqrt{r^2 - y^2} = \frac{1}{2} \left( r^2 \arcsin \frac{y}{r} + y \sqrt{r^2 - y^2} \right) + C$$
cuya condición $|y| \leq |r|$ acaba de ser mencionada y se cumple. El resultado se sigue casi inmediatamente:
$$\int_{-r}^r 2 \sqrt{r^2 - y^2} \mathrm{d} y = \left[ r^2 \arcsin \frac{y}{r} + y \sqrt{r^2 - y^2} \ \right]_{-r}^r = r^2 \arcsin (1) - r^2 \arcsin (-1) = \\ = r^2 \frac{\pi}{2} + r^2 \frac{\pi}{2} = \pi r^2$$
Por lo tanto, usando las coordenadas cartesianas, la única observación importante es simplemente considerar los valores extremos correctos para cada variable.
Usando la ecuación de la circunferencia $x^2 + y^2 = r^2$, puedes elegir $x$ como una función de $y$, obteniendo $x = \pm \sqrt{r^2 - y^2}$, que serán los valores extremos para $x$. Luego, dejas que $y$ varíe desde $-r$ hasta $r$, que son los valores extremos para $y$. Por supuesto, también puedes hacerlo al revés, con $y$ como función de $x$.
A diferencia de las coordenadas cilíndricas, no hay variación angular aquí, sino solo una variación horizontal entre $- \sqrt{r^2 - y^2}$ y $\sqrt{r^2 - y^2}$ en lo que respecta a $x$, y una variación vertical entre $-r$ y $r$ en lo que respecta a $y$.