Es puramente una cuestión de definición. Un entalpía estándar de formación describe el cambio en la entalpía durante la formación de 1 mol de un compuesto objetivo al reaccionar los elementos (puros) que lo componen, donde se espera que cada elemento esté en su modificación más estable para la temperatura dada. Tomemos el caso del oxígeno como ejemplo: En condiciones estándar $\ce{O2(g)}$ es la modificación más estable del oxígeno. Eso significa que en condiciones estándar, la reacción
$$\ce{2O <=>> O2(g)}$$
está definida de tal manera que cada uno de los $\ce{O}$ elementales se define exactamente en el mismo estado que un átomo de oxígeno que forma parte de un $\ce{O2(g)}$, es decir, su entalpía $2H^{\circ}(\ce{O})$ coincide exactamente con la de $\ce{O2(g)}$: $H^{\circ}(\ce{O}) = \frac{1}{2}H^{\circ}(\ce{O2(g)})$. Esto te da un punto de referencia para $H^{\circ}(\ce{O})$ que de otra manera sería casi imposible de medir, al igual que el Electrodo de Hidrógeno Estándar se utiliza para establecer un sistema de referencia para el potencial del electrodo.
Una tabla que muestra algunas entalpías estándar de formación se puede encontrar aquí. Ahí también se indica qué fases se utilizan como forma de referencia.