¿Cómo se importan los CSV a OpenChrom?

Question

Mi objetivo final es comparar los resultados de la GC de las muestras de dos grupos utilizando el PCA. Me han dado los datos en formato Excel pero los he guardado en CSV.

Aunque puedo localizar archivos CSV a través de OpenChrom, todos aparecen en blanco cuando lo hago.

Después de haber pasado mucho tiempo tratando de encontrar la información, no puedo encontrar la información relevante sobre cómo mi archivo CSV (o Excel) debe ser formateado para OpenChrome.

• Tengo columnas para el tiempo de retención (etiquetadas como "RT") y el área (etiquetada como "Área").
• He probado un archivo simple con dos columnas (RT y Área) para una muestra. También he probado archivos con múltiples muestras y columnas, tanto con como sin encabezados de números de muestra. (ver imágenes).

Sea cual sea la opción que pruebe, los gráficos en OpenChrom aparecen completamente en blanco. No sé si son los datos en sí, los encabezados, el proceso que estoy realizando, no tengo ni idea de lo que está pasando para ser franco.

Por último, me gustaría pedir disculpas porque esta puede ser una pregunta básica/navegada para el foro. Esencialmente me han dejado con el trabajo de ejecutar PCAs comparando conjuntos de datos de GC con poca o ninguna experiencia en hacerlo.

Gracias.

Answer 1

¡Oh, Dios mío! Espero ayudarte a tiempo. Acabo de pasar horas lidiando con el mismo problema, y finalmente lo he resuelto. Básicamente, OpenChrom sólo leerá CSVs formateados de una manera muy específica, por lo que tendrás que cambiar tus archivos .csv para que cumplan estos requisitos:

1. Las tres primeras columnas DEBEN tener las cabeceras 'RT(milisegundos)', 'RT(minutos) - NO UTILIZADA POR LA IMPORTACIÓN', y 'RI', exactamente como las he escrito.
2. La segunda columna ('RT(minutos) - NO UTILIZADA POR LA IMPORTACIÓN') no necesita ningún valor; como su nombre indica, no es utilizada por la importación, pero aún así debe estar ahí. Tendrá que convertir sus tiempos a milisegundos para rellenar la primera columna. La tercera columna ('RI') es para los índices de retención, si no los tiene debe rellenar toda la columna con ceros (0.0).
3. Cada columna posterior debe tener un encabezado entero que represente la masa de la señal (por ejemplo, "176" para m/z 176).
4. No hay coma al final de la línea. Por ejemplo, una línea de valores debería tener el siguiente aspecto

1,2,3,4

5,6,7,8

y NO

1,2,3,4,

5,6,7,8,

En Excel, la única manera de que mis archivos se guarden así es si los guardo como CSV (MS-DOS).

Espero que esto ayude.