El significado de que los enlaces covalentes sean direccionales es que los átomos unidos covalentemente prefieren orientaciones específicas en el espacio en relación uno con respecto al otro. Como resultado, las moléculas en las que los átomos están unidos covalentemente tienen formas definitivas.
La razón de esta direccionalidad es que los enlaces covalentes se forman compartiendo electrones entre átomos, o, en otras palabras, como mencionaste, superponiendo los orbitales atómicos de los átomos participantes. Y generalmente solo son posibles algunos patrones de superposición, en consecuencia, solo son posibles algunas disposiciones espaciales de átomos.
Los enlaces iónicos son diferentes: no hay intercambio de electrones (o superposición de orbitales atómicos) y el número de aniones que rodean a un catión está limitado por las cargas de los iones, sus tamaños y la eficiencia del empaquetamiento en la red cristalina.