Hay varios puntos elementales que se pueden hacer :
- Por otro lado, ¿por qué considerar sólo la homología? No veo por qué una sería más natural que la otra (en realidad para mí la cohomología parece más natural porque estoy acostumbrado a temas donde la cohomología aparece naturalmente).
- Hay teorías de cohomología que son claramente útiles y naturales y que están relacionadas con la cohomología singular: cohomología de Rham, cohomología de grupos y cohomología de Galois, cohomología de gavillas, por ejemplo. Suelen aparecer cuando uno está interesado en derivar un functor exacto de la izquierda y no uno exacto de la derecha, lo cual... sucede.
- Hay teoremas de dualidad (todo tipo de variantes de la dualidad de Poincaré) que hacen uso de la cohomología, así que incluso si en última instancia te interesa la homología, estudiar la cohomología puede ser útil.
- La cohomología lleva naturalmente una especie de estructura algebraica dada por el producto taza, que es realmente útil en muchas situaciones.
Pondré un ejemplo explícito procedente del álgebra, ya que es lo que mejor entiendo. Tomemos $G$ un grupo finito, y $X = K(G,1)$ el espacio de Eilenberg-MacLane correspondiente (así $\pi_1(X)=G$ y $\pi_i(X)=0$ si $i>1$ ). Entonces se puede escribir $H_n(G,A) := H_n(X,A)$ y $H^n(G,A):= H^n(X,A)$ para cualquier grupo abeliano $A$ .
Se trata de un caso especial de homología/cohomología de grupo (es decir, el caso en el que $G$ actúa trivialmente sobre $A$ ). Y aunque la homología de grupo es bastante útil (por ejemplo, el teorema de Hurewitz dice que $H_1(G,\mathbb{Z}) = G^{ab}$ ), la cohomología de grupo aparece con más frecuencia, por lo que la cohomología singular en este contexto es más útil.
Ahora bien, si no te interesan los grupos puede que no estés contento con eso, pero incluso si sólo te interesa la topología, claramente $X = K(G,1)$ es un espacio interesante ya que es "el espacio que sólo tiene $\pi_1(X) = G$ en su homotopía". Así que la comprensión de los mapas $Y\to X$ es claramente una cuestión natural.
Y si $G$ es abeliano se tiene el resultado de que para cualquier complejo CW $Y$ , $[Y,K(G,n)] \simeq H^n(Y,G)$ por lo que la cohomología singular (con coeficientes) clasifica los mapas a los espacios de Elenberg-MacLane (hasta la homotopía).